氯制劑由于其成本低、殺菌效果好、使用方便等特點而被廣泛應用。隨著新一代二氧化氯消毒劑的誕生，氯制劑逐漸被二氧化氯所替代。原因主要有以下幾個方面：

1、安全性 二氧化氯消毒劑本身無毒，而且在消毒時也不會產生有毒的物質，特別是“三致”（致癌、致畸、致突變）物質，因而被國際上稱為綠色消毒劑；而氯制劑消毒劑本身屬中等毒性的消毒劑，而且在消毒過程中，還會和有機物反應，生成“三致”物質，如三氯甲烷、三氯乙酸、呋喃等。

2、殺菌效果 二氧化氯為高效消毒劑，可以殺滅所有的微生物，它的理論殺菌力是氯氣（或次氯酸鹽）的2.6倍，且溫度、pH、有機質對其殺菌效果影響較??；而氯制劑消毒劑屬中效消毒劑，僅對某些微生物起作用，且受溫度、pH、有機物影響也較大，實際上二氧化氯的殺菌力要比氯制劑高得多（高約7－10倍）；

3、使用 二氧化氯消毒劑使用濃度小，氣味柔和，對設備幾乎無腐蝕，對皮膚不刺激，使用后可以不沖洗；而氯制劑消毒劑使用濃度大，氣味強，對設備有強腐蝕性，對皮膚也有強刺激作用，使用后需用大量沖洗用水。

4、穩定性（保質期） 二氧化氯消毒劑保質期長，可達12個月以上；氯制劑穩定性差，次氯酸鹽如次氯酸鈉產品半衰期僅3個月。